Docker 镜像目录
Docker 是最火的云计算基础设置,它把软件连带其运行的环境一起打包,为快速构建生信运行环境提供了可能。
本教程,我们将汇编常见的 docker 基础镜像,并尝试构建一些好用的镜像。
Docker其实很容易学,相信你们能很快学会。
现在开始学习 Docker ! 全面学习 Docker 的常用操作,配套案例。
生信 docker 基础镜像
本文仅测试于 Ubuntu/CentOS Linux 环境。
- jupyter/datascience-notebook: Python 数据分析 基础镜像
- rocker-project: R 和 Rstudio基础镜像。https://www.rocker-project.org/
- Seurat: Seurat 各个版本的基础镜像,不带 Rstudio。
构建 Docker镜像
- Rstudio + Seurat Image: R 4.1.0 with Seurat 4.0.5
- Rstudio + Monocle3 Image: R 4.1.0 + Seurat 4.0.5 + Monocle3 1.0.0
构建1时优化了用户权限,花了很多不必要的时间;之后构建只保证能用,不保证好用,怎么快速构建怎么来。构建1的收获是:使用 Dockerfile 构建确实方便。
构建2时,安装 Seurat4 花了很多时间,因为网络等原因反复重复。比较好的路线是使用 Seurat 基础镜像并安装一个Rstudio(参考构建1),然后在此基础上安装包库,并使用 docker commit 提交镜像。而构建2比较好的实践是:目录挂载、容器启动后再手动新建用户,并做磁盘软链接。
参考资料
Docker部署Rstudio Server【四】:订制自己的个性化镜像 https://www.jianshu.com/p/5ea31859aba5