Docker 镜像目录

Docker 是最火的云计算基础设置，它把软件连带其运行的环境一起打包，为快速构建生信运行环境提供了可能。

本教程，我们将汇编常见的 docker 基础镜像，并尝试构建一些好用的镜像。

Docker其实很容易学，相信你们能很快学会。

现在开始学习 Docker ！全面学习 Docker 的常用操作，配套案例。

生信 docker 基础镜像

本文仅测试于 Ubuntu/CentOS Linux 环境。

jupyter/datascience-notebook: Python 数据分析基础镜像
rocker-project: R 和 Rstudio基础镜像。https://www.rocker-project.org/
Seurat: Seurat 各个版本的基础镜像，不带 Rstudio。

构建 Docker镜像

Rstudio + Seurat Image: R 4.1.0 with Seurat 4.0.5
Rstudio + Monocle3 Image: R 4.1.0 + Seurat 4.0.5 + Monocle3 1.0.0

构建1时优化了用户权限，花了很多不必要的时间；之后构建只保证能用，不保证好用，怎么快速构建怎么来。构建1的收获是：使用 Dockerfile 构建确实方便。

构建2时，安装 Seurat4 花了很多时间，因为网络等原因反复重复。比较好的路线是使用 Seurat 基础镜像并安装一个Rstudio(参考构建1)，然后在此基础上安装包库，并使用 docker commit 提交镜像。而构建2比较好的实践是：目录挂载、容器启动后再手动新建用户，并做磁盘软链接。

Docker 常用操作

镜像和容器的常用操作。

镜像的下载与传送

可以从某些云下载镜像，然后打包成文件，下载到自己的服务器，再导入使用。

$ docker pull aertslab/pyscenic:0.12.1

查看
$ docker images
REPOSITORY          TAG             IMAGE ID       CREATED       SIZE
aertslab/pyscenic   0.12.1          4d3790890827   2 years ago   986MB

压缩为gz文件
$ docker save aertslab/pyscenic:0.12.1 | gzip > aertslab__pyscenic_0.12.1.image.tar.gz

-rw-rw-r-- 1 wangjl2 wangjl2 293M Jan 16 15:01 aertslab__pyscenic_0.12.1.image.tar.gz
$ md5sum aertslab__pyscenic_0.12.1.image.tar.gz
d02591d3985e7a9a60ac0cd5898f402c  aertslab__pyscenic_0.12.1.image.tar.gz

传输gz文件
$ scp aertslab__pyscenic_0.12.1.image.tar.gz wangjl@xxxx.ac.cn:/path/to/wangjl/

导入gz文件为镜像
$ gunzip -c /path/to/wangjl/aertslab__pyscenic_0.12.1.image.tar.gz | docker load

查看镜像
$ docker images | grep pyscenic
aertslab/pyscenic           0.12.1                              4d3790890827   2 years ago     986MB

启动docker，创建用户名

为与宿主机权限一致，我们在docker内新建用户，其uid和gid和host中的当前用户相同。

在宿主机(host)查看uid和gid。
$ id
uid=5662(wangjl) gid=1210(jinlab)

映射当前目录为容器中的/data/
$ cd /datapool/wangjl/others/zhaoym/output/demo_SCENIC

推荐在tmux环境中启动容器:
$ tmux
$ docker run --name pyscenic -it -v `pwd`:/data aertslab/pyscenic:0.12.1 bash

创建用户名和密码：保持和host的uid和gid一致
# DEFAULT_USER="wangjl2" && uid=5662 && gid=1210
# groupadd -g $gid groupA
# useradd -s /bin/bash -d /home/${DEFAULT_USER} -m ${DEFAULT_USER} -u $uid -g $gid
# echo "${DEFAULT_USER}:123456.." | chpasswd

切换到新用户
# su wangjl2
$ cd /data

查看容器中软件包的位置：
$ which pyscenic
/opt/venv/bin/pyscenic

$ python3 -V
Python 3.10.6

$ pip3 -V
pip 22.2.1 from /opt/venv/lib/python3.10/site-packages/pip (python 3.10)

可以使用 exit 退出docker环境。

$ docker ps
CONTAINER ID   IMAGE                        COMMAND   CREATED        STATUS       PORTS        NAMES
fc98566b5a12   aertslab/pyscenic:0.12.1     "bash"    2 hours ago    Up 2 hours   8787/tcp     pyscenic

再次进入 docker 环境:

$ docker exec -it pyscenic bash
root@fc98566b5a12:/# su wangjl2
wangjl2@fc98566b5a12:/$ cd /data/

参考资料

Docker部署Rstudio Server【四】：订制自己的个性化镜像 https://www.jianshu.com/p/5ea31859aba5